استنكرت جماعة الإخوان المسلمين في بيان لها – صباح اليوم – "حادث الاغتيال المؤسف الذي تعرض له اللواء محمد سعيد، وحادث الاعتداء على كنيسة العذراء بمدينة 6 أكتوبر"، كما أدانوا "كل أعمال العنف وسفك الدماء؛ أيّا كان مرتكبها وأيًّا كان ضحيتها".
وطالبت الجماعة في بيانها الذي صدر عبر موقعها الرسمي "إخوان أون لاين" بسرعة ضبط الجناة وتقديمهم للعدالة، كما طالبوا بالتحقيق في كل أحداث القتل وتقديم كل من قام بها للعدالة، وإعلان الحقيقة على الرأي العام بكل شفافية.