أمر النائب العام الانقلابى هشام بركات بإحالة الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين و50 من القيادات الإخوان للمحاكمة الجنائية، لتكوينهم غرفة عمليات لمواجهة الدولة أثناء فض اعتصام رابعة بحسب "بوابة الأهرام".
ويمثل د. محمد بديع ومعظم قيادات الإخوان أمام القضاء في عدة اتهامات، وسط تشكيكات من جانب المعارضة في استخدام القضاء والحبس الاحتياطي على ذمة القضايا من جانب سلطات الانقلاب لقمع جماعة الإخوان وجميع الأشخاص المعارضين للانقلاب.