تفاقمت مشاكل المعاهد الأزهرية بالإسماعيلية بمراحلها المختلفة، بصفة عامة؛ بعد تصاعد عجز المدرسين فى عدة مواد؛ منها الرياضيات واللغة الإنجليزية، وكذلك لترميم بعض المعاهد، أثناء العام الدراسي، ما أدى إلى نقل الطلاب لمعاهد أخرى.
وقررت إدارة معهد أبو سلطان بمراحله الثلاث، توزيع الطلاب على معاهد أخرى بعيدة أو التدريس في قاعات أو منازل الأهالي؛ نظرًا للبدء في عملية ترميم المعهد، الأمر الذي سبب استياء لدى أولياء الأمور.
وأعلنت المنطقة الأزهرية بالإسماعيلية، في وقت سابق، عن احتمالية غلق معهد سرابيوم الإعدادي بنين والعقادة الابتدائي والشيخ سويلم الابتدائي والسودانية الابتدائي؛ بحجة بنائها بالجهود الذاتية، وعدم ضمها لقطاع المعاهد، رغم أن معظم معاهد المحافظة بنيت في بداية الأمر كذلك ثم تم ضمها للمنطقة الأزهرية.